Виндовс МЕ је надоградња на Виндовс 9к и већина софтвера за Виндовс 95 и Виндовс 98 ће радити са Виндовс МЕ. Кажемо 'већина' јер софтвер као што је антивирусни програм или било који други услужни програм дизајниран за Виндовс 9к неће радити (или радити добро) у Виндовс МЕ. Структура датотека и конфигурациони фајлови су се незнатно променили у Виндовс МЕ. Међутим, игре, програми и други софтвер ће радити у Виндовс МЕ. Ако софтвер не ради, требало би да има ажурирање које му омогућава да ради.